Прозванный впоследствии «забытым императором» и «самым несчастным среди всех русских правителей», Иоанн еще до рождения оказался заложником в чужой борьбе за власть. Младенец был провозглашен российским самодержцем уже в возрасте двух месяцев, но правление Ивана VI стало формальным и длилось всего год, а закончилось ссылкой, последующим долгим заточением в крепости и смертью от рук тюремщиков.
Для новой императрицы Екатерины II, не связанной кровными узами с династией Романовых, шлиссельбургский узник представлял огромную опасность. В 1762 году она сопровождала Петра III в визите к узнику и убедилась в его отменном физическом здоровье, а также в том, что Иван знает, кем является на самом деле. После своего восхождения на трон Екатерина раздумывала над пострижением узника в монахи – так непонятное, возбуждающее любопытство и различные толки положение опального императора могло быть легитимировано.
Увы, следующий поворот судьбы Ивана VI стал роковым для него. 4 июля 1764 года несший службу в гарнизоне Шлиссельбургской крепости подпоручик Василий Мирович предпринял попытку устроить побег узника. Он поднял караул в ружье, приказал закрыть ворота крепости, арестовал коменданта и двинул своих солдат на казарму, где содержался Иван VI. Охранники, находившиеся при нем, имели четкие инструкции при любой попытке освобождения убить узника, и он был умерщвлен. После следствия, которое определило отсутствие у Мировича каких-либо сообщников, подпоручика казнили. О смерти Ивана VI Антоновича постарались поскорее забыть. Его место захоронения точно неизвестно, есть версия, что тело по приказу Екатерины II без всякой огласки похоронили там же, в Шлиссельбургской крепости.