Прославленный ученый знал великую княгиню Екатерину Алексеевну еще до того, как она стала российской государыней и «матерью Отечества». В 1757 году, когда страной правила Елизавета Петровна, Екатерина решила устроить для своего супруга Петра Федоровича представление, дабы примириться после очередной ссоры. Для организации постановки в Ораниенбауме был приглашен Михаил Васильевич Ломоносов. Специально для представления Ломоносов написал стихи и велел перевести их на итальянский. «Урания» имела такой успех, что была вновь поставлена уже год спустя.

После смерти Елизаветы Петровны на Ломоносова участились нападки в академических кругах. Немецкие ученые, которым благоволил Петр III, планировали реформировать Академию наук по своему усмотрению. Зимой 1762 года Михаил Васильевич начинает болеть, но не бросает своих изысканий. Вынужденный переступить через собственную неприязнь к императору (для патриота Ломоносова презрение Петра III ко всему русскому казалось возмутительным), он составляет речь, приуроченную к Петрову дню в Академии. В ней он упоминает не только Петра Федоровича, но и его деда – Петра Великого, причем личности последнего уделяет куда больше внимания.

28 июня 1762 года Петр III был свергнут с престола в результате дворцового переворота. Императрицей стала Екатерина Алексеевна, вызывавшая у М.В. Ломоносова настороженное, но не враждебное отношение. Пока новоиспеченная государыня издавала манифесты о трагической гибели супруга и собственном воцарении, ученый составлял оду на новое правление. В ней он славил Екатерину II и выражал надежду на дальнейшее развитие наук в России.

Что касается Екатерины II, то первое время она лишь присматривалась к Михаилу Васильевичу и колебалась в своем отношении к нему. Однако Ломоносову покровительствовал фаворит Екатерины Григорий Орлов, что в конечном итоге и определило характер отношений между императрицей и ученым. На одном из официальных приемов М.В. Ломоносов вручил государыне план мероприятий, необходимых для составления «Российского атласа», а в декабре 1763 года Екатерина уже подписывала указ о присвоении ученому чина статского советника с жалованием 1875 рублей в год.

Помимо увлечения самыми разнообразными науками, Михаил Васильевич Ломоносов был неравнодушен к изобразительному искусству. Он предпочел наиболее прикладное, связанное с его любовью к физике и минералам, – мозаику. Всего за несколько лет ученый смог возродить давно забытое древнерусское искусство и создать в России производство смальты. Очень скоро работы Ломоносова и его учеников из любительских «проб пера» превратились в зрелые произведения и вызвали интерес Екатерины II. Одну из первых мозаичных работ Михаила Васильевича (икону Богородицы) императрица приказала оставить в своих покоях. После вступления на престол Екатерина II несколько раз приглашала Ломоносова во дворец и охотно беседовала о научных достижениях. Совершала она и ответные визиты, которые в большинстве своем оставались секретными. В этом смысле посещение Екатериной М.В. Ломоносова 7 июня 1764 года стало исключением: уже через неделю о нем подробно писали в «Санкт-Петербургских ведомостях». В газете сообщалось, что императрица в сопровождении некоторых придворных особ (среди них была и ее сподвижница, княгиня Дашкова) гостила у Ломоносова, рассматривала мозаичные работы и наблюдала за химическими опытами. Официальным поводом для визита стало избрание Ломоносова в марте 1764 года членом Болонской Академии наук за труды в области цветных стекол и мозаики.

Императрица находилась в доме Ломоносова более шести часов и даже успела там пообедать. Интересно, что незнакомый с предпочтениями Екатерины II Ломоносов заранее предупредил государыню: рацион у него очень простой, если не скудный, – кислые щи и обычная каша. В ответ Екатерина заметила, что попробует такую пищу с большей радостью, чем заморские яства. Причем императрица не лукавила. Современники отмечали, что Екатерина II (в отличие, например, от Елизаветы Петровны) сдержанно относилась к сложным блюдам, зато с удовольствием ела обычную сытную пищу, мясо, картошку, соленые огурцы. После трапезы и приятной беседы Ломоносов торжественно вручил государыне стихи, в которых назвал ее преемницей Петра Великого (возможно, одним из первых). В наши дни широкое освещение этого визита в прессе расценили бы как попытку императрицы улучшить свою репутацию, иными словами – создать определенный «имидж», образ просвещенной государыни. Еще свежи были воспоминания о дворцовом перевороте, и Екатерина II как никто другой желала нравиться своим подданным. Общение с легендарным человеком было выгодным для императрицы. Авторы заметки в «Санкт-Петербургских ведомостях» сразу же принялись сравнивать Екатерину с Петром I, который посещал «не только знатные ученые общества, но и приватные дома в Науках и Художествах людей искусных и рачительных». Дом Ломоносова они поставили в один ряд с Академией наук и Академией художеств.

Менее чем через год после визита императрицы Михаил Васильевич Ломоносов скончался от воспаления легких. Уже на следующий день после смерти ученого его библиотека и бумаги по приказу Екатерины II были опечатаны А.Г. Орловым и перевезены в его дворец. Там они и остались, а потом были утеряны (или спрятаны). Поговаривали, что больше всего императрица боялась «потерять из вида» труды Ломоносова и допустить их вывоз за границу. Все, что имело отношение к гению российской науки, государыня предпочла оставить при себе.